Институт компьютерных технологий и информационной безопасности создан приказом от 25 декабря 2013 г. № 507-ОД «О создании Институтов в структуре Инженерно-технологической академии» путем реорганизации факультета информационной безопасности, факультета автоматики и вычислительной техники, факультета естественнонаучного и гуманитарного образования Инженерно-технологической академии Южного федерального университета.

В состав Института входят 11 кафедр и 2 основных научных подразделения.

В составе Института функционирует Студенческое конструкторское бюро «Компьютерное инновационное творчество».